提速近10倍!基于深度学习的全基因组选择新方法来了******
近日,中国农业科学院作物科学研究所、三亚南繁研究院大数据智能设计育种创新团队联合多家单位提出利用植物海量多组学数据进行全基因组预测的深度学习方法, 可以实现育种大数据的高效整合与利用,将助力深度学习在全基因组选择中的应用,为智能设计育种及平台构建提供有效工具。相关研究成果发表在《分子植物(Molecular Plant)》上。
全基因组选择作为新一代育种技术,通过构建预测模型,根据基因组估计育种值进行早期个体的预测和选择,从而缩短育种世代间隔,加快育种进程,节约成本,推动现代育种向精准化和高效化方向发展。
统计模型作为全基因组选择的核心,极大地影响了全基因组预测的准确度和效率。传统预测方法基于线性回归模型,难以捕捉基因型和表型间的复杂关系。
相较于传统模型,非线性模型(如深度网络神经)具备分析复杂非加性效应的能力,人工智能和深度学习算法为解决大数据分析和高性能并行运算等难题提供了新的契机,深度学习算法的优化将会提高全基因组选择的预测能力。
该研究团队以玉米、小麦和番茄3种作物的4种不同维度的群体数据为测试材料,通过创新深度学习算法框架开发了全基因组选择新方法。
与其他五种主流预测方法相比,该方法有以下优点: 可以利用多组学数据开展全基因组预测;算法设计中包含批归一化层、回调函数和校正线性激活函数等结构,可以有效降低模型错误率,提高运行速度;预测精度稳健,在小型数据集上的表现与目前主流预测模型相当,在大规模数据集上预测优势更加明显;计算时间与传统方法相近,比已有深度学习方法提速近10倍;超参数调整对用户更加友好。
该研究得到了国家重点研发计划、国家自然科学基金、海南崖州湾种子实验室和中国农业科学院科技创新工程等项目的支持。
学术支持
中国农业科学院作物科学研究所
记者
宋雅娟
中新社70年 | 通讯社还能拍电影?******
编者按:
走过70年光辉历程的中国新闻社,在海外新闻文化传播史上创造了许多辉煌业绩,其中有一章是今天已经很少有人了解的电影电视制作。
上世纪50年代到本世纪初,中国新闻社通过南海影业有限公司在海外发行大量自己生产的影视作品,深受欢迎。有许多影片在香港票房长期占据第一位。
本文作者方树勋是中国新闻社电影事业的创始人之一,他生前为我们留下这篇介绍中新社电影电视业务发展状况的文章,虽简略,但珍贵。
1956年,香港华文电影公司的主持人、导演赵一山,希望到内地拍风光纪录片,在当时中侨委的支持下,他们到广东潮汕及海南岛等地,拍名为《月是故乡明》的风光纪录片。反映新中国成立后潮汕和海南岛的风光名胜、人民生活的新貌。片中穿插潮剧《陈三五娘》的片段和海南岛黎族、苗族自治州少数民族的歌舞。接着还拍了舞台纪录片《火烧临江楼》。
嗣后,赵一山希望中侨委能继续支持他们的电影事业,提出由于他们人力有限,希中侨委能组织力量拍片,影片由华文电影公司发行,以这样的方式支持他们。经中侨委领导研究后,此事最后主要由中新社负责筹划。
“十八条好汉”白手起家
中新社不是电影制片厂,拍电影对中新社来说是新生事物。在电影工作人和器材等方面,是一穷二白。首先是解决干部和器材问题。
1958年,社领导从图片部调出吴岳搞摄影。因为吴岳在泰国时就从事摄影工作,擅长拍摄人像并获得好评。在这基础上,电影摄影较易掌握。另外从社办公室调出谷雷鸣。谷在话剧表演上有一定的基础和才能。还从专稿部文艺组把我调出,主要负责编写剧本。或许是由于我在香港曾参加过电影工作,还同《大公报》《文汇报》一些对电影有兴趣的朋友一起从事过影评工作,和电影界人士有交往,对片场的情况也有些了解的缘故吧!
这几个人调集后,在吴江和谢石基同志的具体领导下,开始做准备工作。吴岳到潮汕拍《诗歌的海洋》,谷雷鸣跟赵一山一起,向他学习导演工作。我到福建采访,准备写反映侨乡新晋江(后改为福建风光)的剧本。
此后陆续调来一些同志,组成电影队。到1962年止,电影队一共18人。因为拍出了不少影片,当时这支队伍被戏称为“十八条好汉”,可能是有点褒义吧!
不计较得失,不追求名利
电影队人数少,都未正式从事过电影拍摄工作,但在短短几年时间里,特别是经历了三年困难时期,能完成几十部电影的拍摄,的确是奋力拼搏的艰苦历程。
大家对电影这门新鲜的工作有兴趣,有敢于大胆探索追求的勇气。全心全意想把这工作搞好。长年在外,不怕艰苦,不计较得失,不追求名利,在所有的影片上基本没有署上真名。
大家在工作上没有经验,都是一张白纸,但白纸上可以画出各具特色的画面。大家都知道自己的不足,能够虚心刻苦地学习。在干中学,在学中干。在实践上逐步总结出经验,从幼稚逐步走向成熟。
风光纪录片+戏曲艺术片
从1958年到1964年,中新社电影队(后改为电影组)共拍摄了二十多部风光纪录片,八部舞台戏曲艺术片。
这个时期拍摄的风光纪录片主要包括:《诗歌的海洋》《故乡行》(福建风光)《美丽的三江》《北京漫游》《万里长城万里长》《芦沟桥畔》《泰山南北》《齐鲁英豪》《西双版纳》《末代皇帝溥仪》《苏州姐妹》《广西风光》《四邑风光》等。
1959年到1963年拍的戏曲艺术片有八部:《西厢记》《丝线姻缘》《胭脂记》《并蒂莲》《云中落绣鞋》《孟丽君》《珍珠塔》《姐妹易嫁》。
上述风光纪录片和戏曲艺术片,向港澳同胞和海外侨胞介绍祖国各地风貌和地方传统戏剧艺术,使关心新中国的观众,增强了向往祖国的信心。
发展壮大写下新篇
十一届三中全会以后,拨乱反正。经历“文革”尘封多年的中新社早期电影重见天日。
1978年,在京一些部门,纷纷向中新社借出戏曲片《云中落绣鞋》《珍珠塔》《姐妹易嫁》和一些风光片到单位放映。后来所有的影片都交电影发行公司保存。《云中落绣鞋》《珍珠塔》《姐妹易嫁》等影片,也经中央电视台向全国放映。
1978年,中新社建制恢复以后,又成立了电影部,还组建了以吴江为董事长的“南海影业公司”。在电影部和“南海影业公司”的努力下,中断了十多年的中新社电影重新起步。不但拍风光片,还拍摄了由凌子导演的《原野》;凌子风导演的《春桃》;韩兰芳导演的《精变》等受观众欢迎的故事片。
▲1981年,中新社电影部(南海影业公司)导演凌子根据曹禺先生名著《原野》改编的电影投入拍摄。图为曹禺先生与影片男主角杨在葆、女主角刘晓庆。中新社发 金兆龙 摄此外,还开创了和外国及台湾影业人士、港商合作拍片的业务。合作的影片有《龙的精神》《北京故事》《八千里路云和月》《南拳王》等十多部。在欧、美等二十多个国家和港澳地区放映,很受欢迎,颇有影响。
▲图为1987年,凌峰(左一)与中新社伙伴王楠(右二)一起拍摄《八千里路云和月》1985年,中新社电影部扩大为电影声像部,业务大为发展,拍出几十部影视片。
中新社采取与外国及港、台人士合作拍片的方式,同时拍出了多部影视片,使他们进一步认识中国的现实,增强对中国的认同和向往。
社会的发展,世界面貌日新月异,相信中新社的影视会写出新的历史篇章。
作者:方树勋(曾任中新社新闻部副主任、报刊室主任)
(文图:赵筱尘 巫邓炎) [责编:天天中] 阅读剩余全文() |